De documentos muito antigos infere-se que o fundador da nobre casa conventual foi um daqueles poderosos ricos - homens de Leão e Aragão que, desde o reinado de D. Afonso III, O Grande, até o de Bermudo II, tanto trabalharam para consolidar a formidável obra de libertação e cristianização, começada por Pelágio.
Ali vegetava obscuramente, abstraída nas práticas da vida monástica, uma comunidade sujeita á regra de S. Bento. Era um mosteiro “duplex”, isto é, de monges e monjas, como tantos outros da mesma época. Chamavam-lhe usualmente “Convento do Salvador” por ter então a invocação de Cristo, sob designação de Salvador do Mundo.
Estamos pois no limiar do sec. X. Este mosteiro teria sido fundado pelos antepassados de D. Tructesindo Osores, tendo transitado o direito de padroado para este herdeiro e sua mulher D. Unisco Mendes.
O primeiro documento sobre o Mosteiro é de 18 de Março de 1003. É uma doação de D. Famula de Deos Vigília, viúva de Lovegildo que diz: “...cuja basílica está fundada no lugar de Recaredi, debaixo do Monte Costodias, território do Porto, junto á corrente do rio Leça e lhe damos a nossa herdade que temos em Recaredi e damos tudo aos Presbyteros, Frades e Freiras perseveraram em vida sancta...”.
Por um diploma de 1016 sabe-se que D. Unisco Mendes era sua padroeira. Por outro lado, de 1021, o mosteiro de Leça e outros bens são doados ao da Vacariça pela dita D. Unisco Mendes, já viúva de D. Tructesindo e por seus filhos Azeredo Tructezindes e Patrina. Há outras doações de 1034, 1039, 1041, 1045, 1055, 1063, 1088, (Gunsalvo e sua mulher Elio, Vermudos e mulher Ermesinda doaram-lhe vários prédios em Custóias, território Portucalense, e umas salinas na foz do Leça e outras doações de Alamiro, Tanor e Godinho), 1091, 1095 (Gonçalo Auroniz dá-lhe uma herdade em Recarei, que já de seus trisavós, Alvieto, Lovegildo, Gondesendo Pires, Gonçalo Godinho, Vermudo Pelaio, Godinho Sismandiz e Mendo Tructesindes, herdades em Recarei, Gondivai, Custóias, Real e Gonçalves). Em 1040 foi disputado ao mosteiro da Vacariça o seu direito de padroado sobre o de Leça e no pleito se confirmou a doação de D. Unisco Mendes e filhos. Em 1093 ainda se dispunha do de Leça (deste recebia metade das rendas, por acordo e 1091, firmado por Zolemia, prior em Leça, pois nessa data concedeu um terreno para certos homens fazerem uma vinha.
Todavia, em 1094 o padroado foi transmitido à Sé de Coimbra, porque em Novembro desse ano D. Raimundo, conde da Galiza, e sua mulher D. Urraca, à dita se doaram o mosteiro da Vacariça com todas as suas pertenças. O facto ocorreu, decerto, para escassearem as rendas em Leça, absorvidas pela mitra conimbricence, e, portanto para o abandono do mosteiro, o qual, entre 1112 e 1116, foi doado pela rainha D. Teresa à Ordem do Hospital de S. João de Jerusalm (depois de Malta).“...carta em como a Condessa D. Tareja Affonso molher do conde Dom Anrrique deu o mosteiro de Lessa ao Spital”A Mesma D. Teresa deu ainda à mesma ordem, Cortegaça, tremo da Penacova, bem como uma herdade que tinha em Seia e a igreja de Ameixedo (Barroso).
Todos os documentos anteriores ao mês de Maio de 1118, tratam D. Teresa esposa de D. Henrique, por condessa o que não será de estranhar, se levar-mos em conta o seu casamento com um conde. Só depois desta data, é que aparece com o designativo de rainha.
Até então há notícia dos seguintes prelados em Leça: Oseredo Tructezindes (se não foi regular, governou como seu familiar e padroeiro), D. Tudeilo ou Tudegildo (Dom abade da Vacariça), Cidi (como prior assinou em 1089), Gutino (como prepósito ou prior), D. Guntini ( Dom abade no final do sec. XI), D. Rodrigo (Dom abade lembrado num diploma em 1103). Parece o D. Guntino ter feito obras no mosteiro e Ter renovado a igreja, pois um documento de 1091 refere-se a certas relíquias por ele postas em altares sagrados. Era natural ao fim de dois séculos, a ruína de uma pequena igreja, erguida opor simples devoção. Na verdade, ainda existem, no local do mosteiro (hoje propriedade dos herdeiros do eng. Ezequiel Campos), alguns restos arquitecturais do tipo românico do sec. XII.D. Afonso Henriques deu carta de Couto, separado da cidade do Porto em 1123 sendo prior D. Aires o que valeu a confirmação das doações recebidas e ampliação das mesmas. Em 1157, D. Afonso Henriques e D. Mafalda fizeram doação do couto do mosteiro ao procurador D. Raimundo e ao prior de Portugal e Galiza D Ayres, da Ordem de Jerusalém. Este couto foi confirmado em 1166 ( Couto de Santa Maria de Leça do Balio).
“ Consta do tombo deste Baliado dar o Senhor Rey Dom Affonso Henriques esta igreja a Dom Raimundo (conde e senhor da Galiza), Provedor dos Santos pobres e da Santa cidade de Jerusalém, e a Dom Ayres Prior de Portugal e Galiza, e lhe deu terras pençoens, e lhas coutou no ano de 1166 e lhe deo jurisdiçam Cível e poder de pôr ouvidor que conhecesse de appellaçoens e agravos e alimpasse pautas e confirmasse juizes e vereadores, que se elegessem pellopovo na camera destedito Couto de Lessa, e assim sam os venerandos Balios senhores donatários e capitaens mores deste Couto.”Portanto Leça do Balio foi couto do mosteiro de Santa Maria de Leça, cujo território coutado abrangia esta freguesia e mais as de Custóias, S. Mamede Infesta, Barreiros, S. Faustino de Gueifães, um tesourado a primeira e abadias as quatro restantes, todas elas da antiga comarca da Maia. Foram inumeráveis os privilégios concedidos pelos nossos primeiros monarcas e pelos pontífices, aos cavaleiros da Ordem de S. João de Jerusalém.
O convento de Leça foi reedificado por D. Gualdim Paes de Marecos, em 1180 e dedicado a Santa Maria. No ano de 1192, D. Sancho I outorgou a D. Rodrigo Paes, prior da Ordem do Hospital a carta de confirmação do foro que seu pai dera a D. Raimundo, senhorio real nos seus coutos. O mesmo D. Sancho I reformou e ampliou a Igreja e casa de Santa Maria de Leça do Balio em 1212.
A Estevão Vasques Pimentel, investido na qualidade de Bailio de Leça, se devem as importantes obras que, pelos anos 1330, ampliaram o secular mosteiro dos beneditinos, e foi que se ergueu, em substituição da primitiva igreja, arruinada e sem grandeza, o admirável templo que, ainda hoje, depois de ter resistido longamente ás injúrias do tempo e dos homens, se oferece ao nosso respeito e ao nosso orgulho como padrão de uma época enobrecida por altos heróicos ideais.
Há quem pretenda que a grande torre forte, erecta ao lado do templo, foi também então pelo mesmo bailio – poderá aceitar-se esta opinião? – Tudo nos induz a responder negativamente. É certo que o pensamento religioso de que nasceu a igreja não se contradiziam nem repeliam na época distante da fundação; mas , sem embargo disso, há entre as duas construções diferenças que as desirmanam e que se não escondem a olhos experimentados.
Demais, o que se conhece da história do mosteiro confirma inteiramente esta versão, bem mais plausível, que limita a meras reparações as obras ordenadas por D. Frei Estêvão nessa parte do monumento. Com efeito, aquele inabalável giganta da pedra, que foi talvez a albarrã das antigas fortificações conventuais, deve possuir alicerces muito mais antigos; a sua fundação data provavelmente do tempo em que o mosteiro passou dos pacíficos beneditinos, que a princípio o ocuparam, para os monges guerreiros de S. João de Jerusalém.
O falecido escritor Arnaldo Gama, que exumou os velhos arquivos e acumulou em belos romances os mais preciosos subsídios para o estudo ou reconstituição do passado histórico do Porto, visiona assim, na sua conhecida novela “O Bailio de Leça, a configuração do mosteiro do segundo quartel do sec. XIV”:“ A forte e grossa muralha da cerca, que rodeava, toda dentilhada de ameias, era flanqueada por quatro grandes torres cobertas de seteias. Em cada uma das quarelas do muro viam-se abertas umas poucas de balhesteiras, dispostas de forma que ninguém podia aproximar-se sem que fosse imediatamente encravado pelas setas e virotões dos defensores, que delas os despediam sem perigo. A cave era larga e funda, e a barbacã que a parapeitava, grossa e forte, e ademais defendida por pequenos cubelos ou caramanchões que aqui e ali se erguiam sobre ela. O alcácer fortificado, a que a cerca servia de cinto, era uma alta e fortíssima torre, rodeada de um vasto edifício, ou antes de uma grande aglomeração de edifícios, uns mais altos e outros mais baixos, mas todos solidamente construídos e capazes de duradoura defesa.
Do meio deles destacava meio corpo para o vasto patim do castelo. Sobre os muros deste edifício abriam-se aqui e ali irregularmente, um sem número de frestas e de janelas ogivadas, algumas delas defendidas por grossos varões de ferro.Sobre a frontaria da igreja, e no cimo do muro ponteagudo do campanário gótico, campeava a cruz de oito pontas dos cavaleiros da Ordem Militar do Hospital de S. João Baptista de Jerusalém, conhecida séculos depois pela Ordem de Malta.A mesma cruz via-se esculpida sobre a frontaria da torre de menagem ou alcácer fortificado e sobre diferentes lugares dos muros”.
A importância de Leça no dealbar do século XVI justifica mesmo que, em 4 de Junho de 1519, o Rei D. Manuel lhe atribuía uma carta de foral. Mais do que isso ainda no primeiro quartel deste século, e para fins administrativos, Leça será mesmo constituída em município com julgado próprio e composta por três freguesias: a sede, S. Mamede de Infesta e a de Custóias. Cada uma das três freguesias elegia dois vereadores e os seis elegiam outro, que servia de juiz ordinário do julgado. Julga-se que a sede desse julgado seria no lugar de S. Sebastião. Independentemente da importância administrativa de Leça do Balio (o município manter-se-á durante cerca de duzentos anos) o Couto do Mosteiro mantém o seu domínio económico nesta freguesia e nas suas vizinhas que continuam a pagar a renda do baliado pela utilização e cultivo das terras.
Por falecimento do Prior D. Frei Estêvão Vasques Pimentel ou pouco tempo depois, erigiu-se o Crato em Grão - Priorado, e Leça ficou sendo Comenda até 15 de Outubro de 1571, data em que foi erecta em Baliado e seu primeiro Balio foi D. Pedro de Mesquita.
No primeiro quartel do Sec. XVII, sendo Balio de Leça D. Fr. Álvares de Távora, moveu pleito ao mosteiro a Câmara do Porto, por causa do couto baldadamente.
No princípio do sec. XVII, outro Balio pertencente á família dos Távora , empreendeu grandes obras em toda a casa conventual de Leça, mas, os trabalhos de preparação de que o edifício da igreja porventura participou, não deixaram sinais de qualquer benefício ou dano estético. Apenas por capricho devoto do Balio ou dos seus conselheiros, foi desterrada nessa ocasião para a sacristia , a imagem da N. Sra. Da Assunção.
Em 4 de Novembro de 1740, D. João V, a pedido do Balio D. Lopo de Almeida, determinou que todos os foreiros requeressem o encabeçamento dos prazos de vida. Assim, ordenou que todos os indivíduos possuidores, de título de aforamento, de prazos ou propriedades em qualquer parte foreiras á baliagem de Leça, ficariam obrigados, num período de trinta dias, a irem perante o suplicante (o citado Balio D. Lopo de Almeida) requerer o encabeçamento dos bens que possuíssem para celebrarem as respectivas escrituras, consoante os títulos, e , mais todas as pessoas que dessa data em diante houverem alguns ditos prazos, dentro dos mesmos trinta dias, que começariam a ser contados a partir do dia em viessem a possuí-los, teriam de por de igual maneira, os títulos para declarar a posse deles e as condições em que os receberam, bem como á dixação de novos foros.
Se os foreiros não fossem prestes em declarar, no mencionado tempo, o novo encabeçamento dos bens trespassados, perdiam a renda do prazo relativa a um ano, sendo metade da multa para o suplicante e outra para o Hospital Real de Todos os Santos, de Lisboa.
E, para que todos ficassem cientes, o suplicante faria publicar editais com estas determinações, nas freguesias em que residissem foreiros á Baliagem.
Não admira a abundância de caseiros do mosteiro de Leça, portanto, se consultar-mos o Corpus Codicum na parte referente ás Inquisições Régias ordenadas por Afonso III em 1258, verifica-se que é raríssima a “Villa” em território da antiga terra da Maia e que não tenha casais ou herdades doadas até meados do Sec. XIII, à Ordem do Hospital.
O Mosteiro de Moreira (Maia) e o Convento de Vairão (Vila do Conde) neste particular, embora em escala mais restrita, de igual modo foram bafejados com doações de terras na mesma região Maiata, região enormíssima, que nessa época distante, se estendia do Rio Ave até ao Rio Douro desde Santo Tirso até ao Atlântico.
Na sequência do triunfo liberal, Leça do Balio assiste á extinção das ordens religiosas, e logo, dos privilégios e direitos que a ordem do Hospital ainda possuía sobre a freguesia e em 1835 é integrada no concelho de Bouças – actual Matosinhos.Nos anos 30 foi efectuada uma obra de restauro de todo o monumento pela Direcção Geral dos Monumentos Históricos.
Em 1996, o mosteiro começou a ter obras de beneficiação suportadas pela UNICER, ao abrigo da Lei do Mecenato. Como curiosidade, é a família Vieira que zela pelo mosteiro á quatro gerações. in Junta de Freguesia de Leça do Balio
Pese embora a Ordem dos Hospitalários (mais tarde, de Malta) tenha perdurado quase até aos nossos dias, o certo é que não é tão conhecida como a Ordem dos Templários (do Templo), que foi extinta a 3 de Abril de 1312, pela bula Vox Clamantis. De resto, é o processo inquisitorial que antecede a sua dissolução que vem a suscitar enorme curiosidade e a conferir-lhe tamanha fama. 
Aspecto do Mosteiro de Leça do Bailio no século XIX
Leça do Balio é uma freguesia do concelho de Matosinhos, Distrito do Porto, com 8,88 km² de área e 15 673 habitantes (2001). Densidade: 1 765,0 hab/km². Até 13 de Maio de 1999, a sua designação oficial era de Leça do Bailio.
Entre a grei maltesa, ele foi um benevolente e popular líder, correspondendo à crescente procura de habitação em La Valletta, elaborou um projecto para a construção em Floriana, nos arredores da capital, de um subúrbio ainda hoje chamado de "Citta Vilhena". Ao nível de outras infra-estruturas essenciais para a população, o Grão-Mestre zelou pela constante melhoria de condições de saúde pública e de desenvolvimento social da ilha. Prova do seu interesse pelo bem-estar geral da nação, a edificação de um dos mais importantes palcos culturais do mundo naquela época , o Teatro Manoel.